Precis som du skriver i första posten så måste du själv fylla på med vatten för att det skall bli "animerat".
Näst sista sidans tre bilder i guiden du använt visar rätt bra hur resultatet kommer att bli, den första av bilderna är utan vatten och de andra två med vatten.
http://msts.e-buzz.net/stw/tutorials/dem/dem_tut6.html
Precis som du säger så kommer sjöarna att "bara" vara ljusblåa men inte som ett slutligt resultat utan mer som en markering var du skall fylla på vatten.
Det låter som du har fått till "landskapet" rätt och bara behöver fylla på med vatten, men observera att det görs efter att guiden är slutförd och då i Trainz landskapsredigeringsverktyg surveyor.
/Harry