Försök primärt att ta bort delarna som felar, dvs de som har blå stolpe... Därefter en rebuild. Efter lyckad rebuild, lägg tillbaka de felande bitarna.
Inte säkert att det går så lätt dock, ibland kan en sådan här felande del inte gå att få bort i RE, då får man gå in i world-filen o mecka bort den. Men, pröva den lättare vägen först.
RE är ju inte den allra mest robusta windows-programmt... Så, se till att du sparar ditt arbete så ofta du kan, typ var 5 minut eller nått... (ja, jag vet, i inspiritationens iver går tiden snabbt...

) Se oxå till att du har gott om minne i din burk. Mindre än 512MB går, men är inte bra.
EDIT: Såg nu att du bygger om en rutt... Se till att du fått bort signalerna, då spårbygge med dessa kvar kraftigt äventyrar stabiliteten. Helst alla signaler bort, sekundärt alla signaler i det område du jobbar i. (gäller även andra track-markesr, såsom ljud, platforms etc) Täta backupp är en nödvändighet.
PS
hur gick det med dubbelkorsningarna? [B)]
/Mats A